Υπάρχει πάντοτε το δίλημμα του εάν η ασθενής χρήζει ή όχι θεραπευτικής παρέμβασης σε περιπτώσεις ύποπτων ή και επιβεβαιωμένων δυσπλαστικών βλαβών.
Σε αυτές τις περιπτώσεις αλλά και σε περιπτώσεις υποτροπής μετά από αφαιρετική θεραπεία, ειδικά σε άτοκες νέες γυναίκες, που η επανάληψη μιας αφαιρετικής θεραπείας με κωνοειδή εκτομή τραχήλου, οδηγεί σε μαιευτικές επιπλοκές, χρησιμοποιούνται ειδικοί βιοδείκτες και συστήματα πρόγνωσης κινδύνου με νευρωνικά δίκτυα.
Οι βιοδείκτες αυτοί είναι, η ανίχνευση της Ε6 / Ε7 protein-mRNA test, η κυτταρομετρία ροής, το p16, ο δείκτης κυτταρικού πολλαπλασιασμού ki67, το ιικό φορτίο (viral load), η ανίχνευση των πρωτεινών E4 και L1 HPV DNA, αλλά και η χρήση νέων immunomarkers από υλικό κυτταρολογίας υγρής φάσης και συγκεκριμένα η έκφραση Ezrin και E-cadherin που έχει χρησιμοποιηθεί ως προγνωστικός παράγων σε προκαρκινικές ή και διηθητικές βλάβες.
Οι μοριακοί δείκτες και τα συστήματα πρόγνωσης, βοηθούν τον ειδικό, ώστε μαζί με το life style, θα κατατάξει την ασθενή σε κατηγορία χαμηλού, μέσου ή υψηλού κινδύνου.
Στα περιστατικά υψηλού κινδύνου θα γίνει αφαιρετική θεραπεία (κωνοειδή εκτομή με LASER ή loop) δηλαδή εκτομή του πάσχοντος τμήματος του τραχήλου, αφού ο κίνδυνος διηθητικής νόσου είναι μεγάλος ή σε περιπτώσεις χαμηλού κινδύνου θα συνεχισθεί η παρακολούθηση.